Le récit de La dernière cité perdue débute plusieurs mois après le retour des trois protagonistes des aventures narrées dans La dernière crypte : Ulysse, Cassie et le professeur Castillo. L'angoisse étreint le vieux professeur : sa fille Valéria a mystérieusement disparu dans l'une des contrées les plus lointaines et dangereuses de la Terre.
Désespéré, il prend la décision de partir à sa recherche et demande à Ulysse et Cassie de l'accompagner dans son expédition. Incapables de le faire changer d'avis, et tout aussi incapables de le laisser y aller seul, ils accepteront à contrecœur de l'aider dans cette entreprise insensée, et nos trois amis se lanceront de nouveau dans une aventure téméraire vers l'inconnu.
Une aventure qui ne ressemblera en rien à ce qu'ils attendaient.
Une aventure qui les mènera au bord de la folie, là o la réalité s'effiloche à la lisière des certitudes et o l'impensable devient inévitable.
Les trois compagnons l'ignorent encore, mais leur quête les conduira jusqu'à une cité légendaire o nul être humain n'a vécu depuis des milliers d'années. Une cité dont l'existence même semble impossible. Une cité dans laquelle ils découvriront—mais trop tard—qu'ils ne sont pas seuls.