O estudo da biologia de Aristóteles mostra-nos que sua metodologia é praticamente a mesma que hoje chamamos de Método Científico. Diferentemente do que já foi sugerido anteriormente, seu método não é a Demonstração, mas o que hoje se chama de Método Dialético de Aristóteles. O qual inclui os métodos comparativo, empírico e descritivo. Na sua biologia, ele parte das opiniões confiáveis (endoxa) dos autores anteriores, e de suas próprias observações e experimentos sobre os fenmenos (phainomena). Depois, ele compara os dados dos autores anteriores e os seus próprios dados, para compatibilizá-los e finalmente concluir. Os principais conceitos que Aristóteles criou para sua biologia são Comparação, Semelhança e Diferença, bem como alguns conceitos filosóficos, como Identidade e Analogia. Graças a esses conceitos, Aristóteles formulou vários princípios, como os de Grupo Natural, o Plano Geral de Construção Corporal, e o Princípio de Correlação das Partes, bem como uma Lei da Embriologia, segundo a qual os caracteres do gênero se desenvolvem antes que os específicos. Aristóteles foi quem primeiro valeu-se do conceito de analogia para se referir a semelhanças nas funções ou nas propriedades de caracteres muito distintos; assim como com o conceito de homologia que ele chamava de identidade. Os caracteres idênticos permitem reunir os animais em Grupos Naturais, enquanto os análogos permitem distinguir os gêneros. Em relação às quatro causas de Aristóteles, é na biologia onde elas são mais facilmente reconhecíveis. As causas formal e final têm relação com a função dos órgãos e de suas partes; de modo que o que se chama em Aristóteles de teleologia corresponde ao que modernamente entendemos como fisiologia. A maior contribuição de Aristóteles à biologia – e à ciência em geral – não foi o conteúdo empírico de suas obras (mais de 540 espécies descritas), mas sim o desenvolvimento dos diferentes conceitos e métodos, os quais são utilizados até os dias de hoje, em inúmeras áreas do conhecimento, como é o caso do método comparativo, aplicado em todas as áreas ditas comparativas, desde a biologia comparativa até a matemática e a física comparativa, até a filologia comparativa.
